La región de Terai, con un ancho de 26 a 32 km y una altitud de 60 a 305 m, ocupa aproximadamente el 17 por ciento de la superficie total del país. Kechana Kalan, el punto más bajo del país con una altitud de 60 m, se encuentra en el distrito de Jhapa, en el este de Terai. El sur de las tierras bajas de Terai continúa hasta el cinturón de Bhabar cubierto por los bosques CharKoseJhadi, conocido por su rica vida silvestre. Más al norte, la zona Siwalik (700 - 1500 m) y el rango Mahabharat (1500m - 2700m) dan paso a los Duns (valles), como Trijuga, Sindhuli, Chitwan, Dang y Surkhet. La región central (600 - 3500 m), al norte de la cordillera de Mahabharat, es donde los dos hermosos valles de Katmandú y Pokhara se encuentran cubiertos de campos de arroz en terrazas y rodeados de cuencas de bosques.

El Himalaya (más de 3000 m) comprende montañas, pastos alpinos y bosques templados limitados por la línea de árboles (4000 m) y la línea de nieve (5500 m). Catorce de las montañas de ochocientos mil metros de alto, en el mundo, ocho se encuentran en Nepal: Sagarmatha o el Monte Everest (8848 m.), Kanchenjunga (8586 m.), Lhotse (8516 m.), Makalu (8463 m.), ChoOyu (8201 m.), Dhaulagiri ( 8167 m.), Manaslu (8163 m.) y Annapurna (8091 m.). El valle interior del Himalaya (sobre 3600 m.), como Mustang y Dolpa, son desiertos fríos que comparten características topográficas con la meseta tibetana. Nepal posee las llamadas "Torres de agua del sur de Asia" con sus 6000 ríos alimentados por la nieve o por la lluvia. Los ríos perennes incluyen los ríos Mahakali, Karnali, Narayani y Koshi que se originan en el Himalaya. Los ríos de tamaño mediano, como Babai, West Rapti, Bagmati, Kamla, Kankai y Mechi, se originan en la región del interior y Mahabharat. Un gran número de arroyos estacionales, en su mayoría originados en Siwaliks, fluyen a través del Terai.

De los ciento sesenta y tres humedales documentados, los nueve sitios Ramsar reconocidos mundialmente son: Reserva de Vida Silvestre KoshiTappu, Beeshazarital (Chitwan), Embalse Jagdishpur (Kapilvastu) Ghodaghodi Tal (Kailali) en el Terai, y Gokyo (Solukhumbu), Phoksundo (Dolpa), Rara Mugu) y MaiPokhari (Ilam) en la región montañosa. Hay más de 30 cuevas naturales en el país, de las cuales sólo unas pocas son accesibles por carretera. La cueva Maratika (también conocida como Haleshi) es un sitio de peregrinación asociado con el budismo y el hinduismo. La cueva de Siddha está cerca de Bimalnagar a lo largo de la carretera Katmandú-Pokhara. Pokhara también es conocido por sus cuevas, a saber, el cobertizo de los murciélagos, Batulechar, Gupteswar, PataleChhango. Las numerosas cuevas alrededor de Lo Manthang en Mustang incluyen Luri y TashiKabum, que albergan antiguos murales y chorten que datan del siglo XIII.